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秦瑩瑩長期致力于提高女性生殖健康與防治出生缺陷的基礎與臨床研究，取得了系列原創性成果，為臨床精準診療提供科學依據。揭示早發性卵巢功能不全（POI）致病新機制，建立中國女性卵巢儲備評估體系，創新卵泡體內、體外激活干預策略，開展高水平多中心臨床研究，提供胚胎植入前非整倍體檢測臨床應用的循證醫學I級證據。發表SCI論文近70篇。